蠅や蚊の発生・侵入を避け切ることは結論から言えばできませんが、やれるだけの対策を打ては相応に効果はあります
まずは発生源を環境内につくらないことが大事です　舎内や周辺に水溜まりなどができないようにします　ヤギが食べ散らかした干し草なども私は丁寧に除去します　食べ散らかしの干し草が少しずつ堆積する→雨等で濡れ→やがて腐食する→汚染源となる　ということを防ぐためです
朝夕に拾ったフンを一旦籠に溜め、一週間程度でこれが一杯になったら堆肥場に持っていきますが、この籠には消石灰を撒きます
越冬した蠅は暖かくなると羽化して活動し始めます　成虫になることを止める薬剤があります　まず畜舎やその周辺にそういう場所がないかチェックしてみてください　隣接する庭に廃タイヤや浴槽が捨てられてあったりしませんか　雨水が溜まってボウフラ等が湧きます　そのように存外、盲点がある筈です　私の場合、牧場内ではヤギ舎の裏側に若干ですがモミガラが堆積するところがあり、そこにサイクラーテSGという顆粒剤をばらまいています　抑えるべきピンポイントが分かれば、効果はかなりあります　
侵入してきたものは誘引・捕捉したり、殺虫するように努めます
ハッカ油などは効果を維持するのは難しいようです
私はハエは誘引・捕殺（フライマグネット）、蚊は電子線香と忌避剤（どこでもベープ、KAKOI）を使っています　キンチョールなどをヤギ舎内に噴霧したりもします
完璧とは言えませんが　これらの対策により相応の効果を上げることができます
プロパンガスを燃焼させ　蚊を磁石のように誘・吸引する効果的な機器もあります　手を伸ばせる価格でないのが残念です

＜蠅の誘引器と蚊の忌避剤＞

＜サシバエ対策/一般の蠅にも有効です＞